8 nhiệm vụ trọng tâm đã được Sở Y tế đề ra nhằm nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước, phát triển toàn diện lĩnh vực YHCT từ công tác khám, chữa bệnh, đào tạo, nghiên cứu, sản xuất đến bảo tồn, phát triển dược liệu và kết hợp YHCT với y học hiện đại.
Đó là, hoàn thiện hệ thống cơ chế, chính sách phát triển YHCT; nâng cao trách nhiệm người đứng đầu trong tổ chức thực hiện; tăng cường hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước về YHCT; phát triển đồng bộ hệ thống khám, chữa bệnh YHCT; phát triển nguồn nhân lực và nghiên cứu khoa học về YHCT; ứng dụng khoa học công nghệ và chuyển đổi số trong YHCT; truyền thông về phát triển YHCT…
Sở Y tế cũng phân công nhiệm vụ cụ thể cho các phòng chức năng và đơn vị trong ngành trong tổ chức thực hiện. Bệnh viện đa khoa Y học cổ truyền Hà Nội – đầu ngành về YHCT hướng dẫn các bệnh viện, các trạm y tế xã, phường về chẩn đoán và điều trị, các quy trình kỹ thuật khám bệnh, chữa bệnh, kết hợp YHCT với y học hiện đại, tập trung vào một số thế mạnh như châm cứu và các phương pháp điều trị không dùng thuốc khác. Đồng thời, tổ chức tập huấn nâng cao trình độ chuyên môn cho cán bộ y tế về YHCT, cập nhật những kiến thức mới về YHCT trong nước cũng như nước ngoài.
Các bệnh viện tăng cường quản lý chất lượng dược liệu và thuốc cổ truyền tại đơn vị cũng như chú trọng khám chữa bệnh bằng YHCT và kết hợp YHCT với y học hiện đại.
Tại các trạm y tế xã, phường tiếp tục xây dựng vườn thuốc nam, duy trì khám chữa bệnh bằng YHCT và hướng dẫn phương pháp chữa bệnh không dùng thuốc cho người dân.